Gazth-Sonika, la guerre civile fait rage dans ce pays où un assassin du nom de Madlax, réputé pour être efficace et dont le passé demeure un mystère, exécute des contrats pour le compte d'un commanditaire du nom de SSS.Ailleurs, dans un endroit épargné de toute cette violence, Margaret Burton vie dans un présent sans passé, amnésique depuis le crash de son avion qui a causé la mort de ses parents. Vanessa, sa tutrice Légale tente alors de découvrir les brides de ce passé mystérieux et rencontre Madlax qui semble avoir un lien étroit avec Margaret malgré le fait qu'elles ne se connaissent pas.Et pourquoi une organisation du nom d'Enfan qui tire les ficelles de la guerre civile dans l'ombre s'intéresse donc à elles ???