Ère Cosmique année 71. Voilà un an et demi que la guerre a commencé entre les Naturels et les Coordinateurs et les conflits n'ont cessé de s'aggraver.Sur Heliopolis, une colonie spatiale neutre, Kira
Yamato,un jeune Coordinateur, et ses amis semblent
vivre des jours heureux loin de ces tensions...
Cependant, des prototypes secrets de Mobile Suit
appartenant à l'Alliance Terrienne sont
développés sur cette colonie, et ZAFT,l'armée
des Coordinateurs, ne compte pas se laisser faire...
Kira parviendra t-il à prendre en main le Strike,
et surtout à faire face à son meilleur ami Asran Zala,
qu'il a perdu de vue et qui s'est depuis engagé dans
l'armée ennemie ?